L'edificazione della basilica barocca ebbe inizio nei primi anni del Settecento, a seguito della ricostruzione successiva al sisma del 1693. La facciata, venne iniziata alla fine del 1767 su progetto di Rosario Gagliardi. Il prospetto, che domina ed aggetta sulla bellissima Piazza Municipio, si caratterizza per una felice fusione di elementi barocchi e classici insieme. In seguito al terremoto del 13 dicembre 1990 la chiesa subì alcuni danni strutturali, la sera del 13 marzo del 1996 il crollo, quel che un tempo era stato il gioiello di Noto sembrava perduto. Nel gennaio del 2000, dopo una prima fase di sgombero delle macerie hanno avuto inizio i lavori di ricostruzione e di restauro e dopo un lungo e complesso lavoro di ricostruzione e di restauro dell'esistente, dopo undici anni, il 18 giugno 2007 si conclusero. Nella cerimonia tenutasi il 13 febbraio 2011 e presieduta dal vescovo di Noto Antonio Staglianò alla presenza, tra gli altri del commissario Vittorio Sgarbi, è stato inaugurato il grande affresco della cupola, raffigurante "La Pentecoste", e dei pennacchi, con i quattro evangelisti, del pittore russo Oleg Supereko.