Incerta è l'origine della basilica dell'Itria. Ritrovamenti archeologici nei pressi testimoniano la presenza di un edificio probabilmente religioso attestabile al VI secolo, di cui rimane un magnifico mosaico pavimentale. Tuttavia non sono chiari i rapporti con l'edificio sovrastante che sembrerebbe non rispettare la planimetria delle preesistenze.

Il titolo potrebbe essere originato da Odighitria e pertanto avere una origine bizantina, tuttavia un ritrovato culto è attestato nel corso del secolo XII e verso la prima metà del XVII secolo, pertanto poco indicativo.
L'ambiente ad unica navata longitudinale con cappellone rimanda a simili edifici eretti in Sicilia nel corso del XII e XIII secolo. Gli affreschi del cappellone sembrano confermare l'appartenenza della chiesa al Duecento, pur non indicando la fase di erezione dell'edificio, ma la sua fase decorativa che potrebbe anche essere posteriore. Una figura aureolata ripropone invece un gusto già gotico, forse di fine XIV secolo.

Abbandonata nel tempo, la chiesa divenne deposito di attrezzi agricoli e stalla prima di essere acquisita dal demanio e restaurata.

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