Nel 1088 i Benedettini si insediano a Catania, dove fondano un primo convento presso la Cattedrale. Questo funse probabilmente da modello per i complessi successivi: Cefalù, Monreale e Calatamauro. Abbandonato forse nel 1169 a seguito del violento sisma del 4 febbraio, i monaci da qui si spinsero a Santa Maria di Licodia prima e sul Colle Pennacchio (Malpasso) poi. Il convento di Licodia eresse in mezzo ai boschi etnei un cenobio destinato al ricovero dei frati anziani e malati.
Nell'arco del XIII secolo questo sanatorio assunse una sempre maggior importanza, fino al momento in cui non fu scelto da re Federico III come sede di abbazia che divenne sede principale dell'Ordine nell'area etnea. Il sovrano lo scelse anche per le sue ultime cure (morirà però prima di giungere al monastero), come più tardi fece la moglie Eleonora che diede gli averi del marito al monastero.
Sede di intellettuali religiosi, qui si formarono nel XVI secolo le personalità di Giorgio Rioli detto Il Siculo (ucciso dall'Inquisizione ferrarese) e Bartolomeo Fontanini detto da Mantova (autore del "Trattato Utilissimo del Beneficio di Giesu Christo Crocifisso verso i christiani", uno dei maggiori testi del Rinascimento, scritto proprio a Nicolosi).
Abbandonato a partire dal 1542, i monaci si trasferirono nuovamente a Catania, nella nuova sede alla Cipriana.
L'edificio rimase così una sorta di edificio di rifugio contemplativo o assunse ancora il ruolo di sanatorio. Crollato con il terremoto del 1693, in parte ricostruito per attività legati alla produzione del vino da parte dei frati, venne incamerato con tutti i beni feudali benedettini nel 1866 dal nascente Regno d'Italia.
Per secoli rimasto all'abbandono, venne acquisito negli anni '80 dal costituendo Ente Parco dell'Etna che qui vi ricavò la sua sede.
Oggi è ancora sotto indagine archeologica. Molte parti sono state restaurate e ospitano uffici, un piccolo museo etnografico, un auditorium all'interno della chiesa di San Nicola.
L'immenso giardino appartenuto ai frati e un tempo adibito alla vitivinicoltura è anche sede del Sentiero del Germoplasma realizzato con l%u2019obiettivo di caratterizzare e conservare il patrimonio genetico vegetale etneo ed ospita specie di interesse naturalistico e agrario ma anche specie aromatiche e officinali presenti nel comprensorio etneo.
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