La data di fondazione di questa Chiesa ci è sconosciuta. Fin dal medioevo, in una Chiesa di Trapani era venerata la Madonna a cui si rivolgevano i marinai in caso di pericolo. Accanto venne, successivamente, costruito un monastero di carmelitani che nei casi di pestilenze diventava lazzaretto. Pertanto molti si convinsero che la Madonna proteggesse dal contagio e quindi il culto ebbe diffusione in tutta la Sicilia. Non sappiamo quando esso arrivò a Palagonia, se dopo la peste del 1575 o se portato dai carmelitani quando fondarono il loro convento: in entrambi i casi la fondazione va posta intorno al 1650.
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