Fù edificata intorno alla metà del XVII secolo ad opera dei padri agostiniani della riforma centuripina, Andrea da Castrogiovanni e dei frati Andrea e Mario da Paternò. Nel 1755, a causa della scarsità dei fondi, i padri agostiniani lasciarono la chiesa che divenne sede della confraternita di Santa Marta. Intorno al 1970 si verificò il crollo dell'originaria copertura, che venne qualche tempo dopo ricostruita.
Ulteriori lavori di restauro si sono conclusi nel 2008.