Incerta è la data della sua edificazione, ma è documentata sin dal XVI secolo. In origine la chiesa fu intitolata a santa Maria di Gesù, e faceva parte del convento dell'Ordine dei frati minori osservanti di san Francesco, istituito dai Moncada. Durante l'epidemia di peste che colpì Paternò nel 1576, fu uno dei due lazzaretti cittadini.
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